Ежегодно, с ноября по март, в Пинежском заповеднике проводятся учеты зимующих птиц. Учеты организуются на постоянном маршруте длиной 4,5 км, проходящем на территории как самого заповедника, так и охранной зоны. Иногда используются однократные маршруты разной длины на территории заповедника. Для работ применяется методика Ю.С. Равкина. Согласно ей, при прохождении маршрута отмечаются все встреченные птицы, их вид, количество и расстояние от них до учетчика. Также указывается характер нахождения птицы в данном биотопе: «сидит» или «летит». В дальнейшем на основании полученных материалов рассчитывается плотность населения зимующих птиц.

Учет зимующих птиц в Пинежском заповеднике является частью программы широкомасштабных зимних учетов птиц России и сопредельных регионов «PARUS». Результаты учетов помещаются в «Летопись природы» заповедника, а также публикуются в ежегодном сборнике «Результаты зимних учетов птиц России и сопредельных регионов».

Количество встреченных на маршруте птиц может сильно различаться по сезонам. Например, при урожае шишек ели поднимается численность клестов и они составляют большую часть от встреченных на маршруте птиц. Тогда общее количество встреченных птиц может достигать 50 особей и более. В другие же сезоны встречи птиц могут быть единичными или даже отсутствовать вообще.

Наиболее обычные зимующие птицы, встречающиеся во время учетов, это клесты (сосновик, еловик, реже белокрылый), буроголовая гаичка, большой пестрый дятел, рябчик. Реже отмечаются желтоголовый королек, пищуха, снегирь, кукша, ворон и некоторые другие виды. Совсем редко можно встретить сов, например, мохноногого сыча или ястреба-тетеревятника. Иногда отмечаются птицы и вовсе не характерные для зимы. Так, например, в феврале этого года на учетном маршруте на территории заповедника были встречены селезни кряквы, зимующие на незамерзающих участках небольших речек.