На территории Пинежского заповедника, а также в пределах его охранной зоны и памятника природы «Голубинский карстовый массив» завершен ежегодный учет численности особей 5 видов растений, занесенных в Красную книгу России. Наблюдения проведены на 41 постоянной площади.
По сравнению с прошлым годом общая численность особей калипсо луковичной уменьшилось на 25%, на 35% уменьшилось число цветущих растений. По-видимому, это снижение объясняется жаркой и засушливой погодой прошлого лета, отрастание нового листа у калипсо после летнего периода покоя происходит в начале августа.
Численность особей башмачка настоящего уменьшилась на 9%, при этом число цветущих растений по сравнению с прошлым годом возросло в 2,5 раза.
В настоящее время известно только одно место произрастания качима пинежского в заповеднике. Несколько ранее известных его местообитаний на склонах долины р. Сотки засыпано гипсовыми осыпями. Мониторинговая популяция за 10-летний период наблюдений также дважды была засыпана гипсовым щебнем. Численность ее после последнего осыпания склона в 2014 году постепенно восстанавливается, в текущем году здесь отмечено 23 генеративных и 9 вегетативных особей (максимальная численность популяции – 30 генеративных и 20 вегетативных особей отмечена в 2013 г.).
Невысокой, около 100 особей, остается численность пальчатокоренника Траунштейнера на ключевом болоте в южной части заповедника. Максимальное число особей – более 700 – здесь наблюдалось в 2012 г.
В заповеднике отмечено самое северное место произрастания ятрышника шлемоносного. Популяция вида малочисленна, но состояние ее довольно стабильно. За 10 лет наблюдений численность вида колебалась от 2 до 22 особей. В 2019 году на ключевом болоте отмечено 14 генеративных и 3 вегетативных особи.