Заповедник “Пинежский” возглавляет директор заповедника, который неcет полную ответственность за его деятельность. Директору непосредственно подчиняются три его заместителя: зам. директора по научной работе, зам. директора по охране заповедника, зам. директора по обеспечению основной деятельности. Они возглавляют соответственно научный отдел, отдел охраны заповедной территории, отдел по обеспечению основной деятельности заповедника. Всего в заповеднике на 1.01.2020 г. работает 35 человек.