Большая часть территории заповедника представляет собой сложное сочетание карстовых ландшафтов, небольшие площади в юго-западной части заповедника относятся к моренным ландшафтам. По степени участия карста в формировании морфологической структуры ландшафта выделяются следующие типы карстовых ландшафтов: карстогенный; закарстованный; c элементами карста. В структуре ландшафта с элементами карста имеются природно-территориальные комплексы (ПТК) карстового происхождения уровня фаций и подурочищ, в структуре закарстованного ландшафта - ПТК  уровня урочищ и местностей, в карстогенном ландшафте все ПТК генетически связаны с развитием карста  (Андрейчук., 1992). Для Пинежского заповедника характерны все отмеченные ранее типы карстовых ландшафтов

Ландшафт  ледниковый  с  элементами карста наиболее широко распространен на территории заповедника и представлен слабодренированными водораздельными участками с редкими воронками и западинами, плотность которых составляет менее 400 форм/км² в центральной и юго-западной части территории заповедника. Территория характеризуется наибольшей заболоченностью. В почвенном покрове доминируют  торфяно-глеевые, верховые торфяные, а на дренированных участках подзолистые почвы (Горячкин, 198). В пределах ландшафта выделено 31 ассоциация лесной и 17 - болотной растительности (44% от общего числа ассоциаций). Растительность ландшафта наиболее типична для подзоны северной тайги. Господствует формация еловых лесов из ели сибирской. На повышениях рельефа преобладают ельники кустарничково-зеленомошные со значительной примесью в травяно-кустарничковом ярусе гипоарктических видов, замкнутые и слабопроточные понижения рельефа заняты ельниками сфагновыми и долгомошными, сосняками сфагновыми и олиготрофными пушицево-сфагновыми болотами, проточные ложбины и западины - ельниками травяно-болотными и переходными осоково-сфагновыми болотами. Влияние карста на формирование растительности ландшафта не прослеживается.

Ландшафт пластово-денудационный с элементами карста представляет собой относительно слаборасчлененные, перекрытые красноцветами и известняками наиболее возвышенные участки в северо-восточной части заповедника. Внутри ландшафта выделяется два подтипа: слаборасчлененный пластово-денудационный  (правобережье) и расчлененный пластово-денудационный (левобережье р. Сотки).

В пределах слаборасчлененного пластово-денудационного ландшафта расчлененность рельефа составляет первые метры. Здесь практически нет выраженных ледниково-аккумулятивных форм, и четко прослеживаются слабо врезанные эрозионные ложбины, шириной в 5-20 м. По степени заболоченности, почвенному составу и растительности ландшафт близок к ледниковому ландшафту с элементами карста.

Для рельефа расчлененного пластово-денудационного ландшафта характерны редкие глубокие провалы, заполненные озерами и относительно частая сеть ложбин. В почвенном покрове преобладают подзолистые, иллювиально-железистые, дерново-перегнойные, подзолисто-глеевые и торфяно-перегнойные глеевые почвы. В пределах расчлененного пластово-денудационного ландшафта выделено 14 ассоциаций лесной, 2 - луговой и 2 - болотной растительности (16%  от общего числа ассоциаций). Господствующее положение занимают леса еловой формации. На выровненных участках преобладают ельники кустарничково-зеленомошные, склоны и днища ложбин заняты ельниками травяными. Незначительные площади заняты сосновыми и лиственнично-сосновыми кустарничково-зеленомошными лесами. Лесные ценозы отличаются наибольшей продуктивностью.

Ландшафт закарстованный, подтип карстово-ледниковый представлен участками среднезакарстованных междуречий с преобладанием суффозионно-просадочных форм карста в северо-западной, западной и юго-восточной частях заповедника. Здесь преобладают крупные карстовые воронки и котловины, как правило, хорошо дренированные. Их плотность составляет 400-1500 карстовых форм/км². В почвенном покрове  преобладают подзолистые иллювиально-железистые и переходные торфяные почвы.

В пределах ландшафта выделено 21 ассоциация лесной, 2 - луговой (луговая растительность во всех ландшафтах выделялась на уровне групп ассоциаций) и 14 - болотной растительности (34% от общего числа ассоциаций). Доминируют ельники кустарничково-зеленомошные, среди которых наиболее распространены ельники чернично-зеленомошные и ельники мелкотравно-чернично-зеленомошные. Увеличивается доля сосновых кустарничково-зеленомошных лесов, занимающих наиболее возвышенные участки рельефа. Для еловых и сосновых фитоценозов характерна примесь лиственницы в древостое. Класс бонитета IV-V. Среди болотной растительности преобладают мезотрофные осоково-сфагновые болота. Луга занимают незначительные площади. В данном ландшафте отмечается влияние карстового рельефа на растительность, выражающееся, прежде всего, в усилении дренированности территории.

Карстогенный ландшафт представляет собой сильно закарстованные участки, примыкающие к долине реки Сотки, склоны долины, карстовые лога и участки интенсивно развитого карста окрестностей озера Ераськино (юго-восточная часть заповедника). Почвы ландшафта отличаются большой пестротой и своеобразием.

Наиболее часто встречаются неполноразвитые оподзоленные дерновые и дерновые оподзоленные почвы, а так же почвы на плотных гипсах сульфорендзины иллювиально-гумусовые. Растительность карстогенного ландшафта отличается сложной биогеоценотической структурой и большой амплитудой продуктивности сообществ от относительно высокобонитетных (IV класс бонитета) травяно-кустарничковых лесных ценозов на участках с крупными воронками и развитыми дерновыми почвами до низкопродуктивных разреженных редколесий, развивающихся на полузадерненных склонах долины р. Сотки и карстовых логов. Растительные сообщества карстогенного ландшафта отличаются повышенным биоразнообразием, в сложении фитоценозов участвуют 30-45 видов. В эвтрофных местообитаниях днищ карстовых логов и участках с частыми воронками распространены виды южно-сибирские и неморальные, в экстремальных условиях - на гипсовых осыпях и обнажениях - виды арктические и арктоальпийские, в местах близкого залегания гипса - кальцефильные виды. В пределах ландшафта отмечено 29 ассоциаций лесной (включая редколесья) и 26 - луговой растительности (50% от общего числа ассоциаций). Среди лесных формаций характерно уменьшение доли еловых лесов за счет возрастания площади сосновых, лиственнично-сосновых и березовых ценозов. Наиболее распространены ельники, сосняки и лиственничники травяно-кустарничковые и ельники мелкотравно-чернично-зеленомошные, к склонам и днищам карстовых логов приурочены полидоминантные  злаково-разнотравные и разнотравные луга. На полузадерненных  склонах долины реки Сотки и карстовых логов развиваются сосново-лиственничные и березово-еловые редколесья.